（三）政治危机与独立的丧失
到16世纪中，葡萄牙面临德困难已经相当明显，但国王没有意识到这些问题的严重性。这是，国内发生了关于葡萄牙如何维持帝国地位的争论。有人提出了征服中国的计划，但响应者寥寥无几。有一个叫迪奥多·多·科乌多的战士作家主张放弃东方帝国，建立一个从安哥拉海岸到莫桑比克海岸之间的帝国，包括整个南部非洲。这样可以缩短航程，减少相对庞大的海外驻军（其实人也不多）及这些驻军的开支。这一计划颇得人心，有人称之为“大门口帝国”。
1557年，若奥三世去世，王位交给了他的孙子D。塞巴斯蒂昂，但D。塞巴斯蒂昂才3岁，所以由母后摄政。由于母后卡塔琳娜是西班牙皇帝查理五世的妹妹，国内反对她摄政的呼声很强烈。5年后，她放弃摄政，由任大主教的若奥三世的弟弟接替。这位大主教悲观地表示：维持对印度的统治看来只有出现奇迹才有可能。在这年召开的议会上，各地代表纷纷要求保持非洲的要塞，建议增加军费，要求教会和贵族承担部分军费。代表们还反对兴建新的大学，认为要读书可以到巴黎或别的什么地方去，要求把这笔钱拿出来用于战争。可以看出，葡萄牙要强化对非洲的侵略，不仅仅是因为非洲距离葡萄牙较近，而是于当时的宗教狂热也有关系。
1568年，14岁的D。塞巴斯蒂昂开始执政，这个年纪轻轻的国王是个典型的宗教狂热分子。他从小所受到教育就是：葡萄牙是受到威胁的***的救星，他来到这个世界上就是为了拯救***。在执政的10年中，他朝思暮想的就是如何讨伐***。
上台4年后，他就想组织军队讨伐不同信仰者，由于集中在特茹河上的船只被一场风暴吹得七零八落，他才把出兵的时间推迟了两年。1574年，他偷偷乘船来到北非，准备发动对摩尔人的战争。临走的他下诏书，要求人民拿起武器等待他的召唤。但发动大规模战争需要机会。两年后，摩洛哥的王位落入奥斯曼帝国的支持者手中，D。塞巴斯蒂昂认为，这是对伊比利亚半岛和***欧洲生*攸关的大事，因为意味着奥斯曼帝国要占领整个北非。1578年，这年D。塞巴斯蒂昂24岁，他率领约17万大军，包括5000名外国雇佣军，前往非洲战场。他还不听有作战经验的军官劝阻，离开海岸前往迎战摩洛哥国王的军队。结果葡萄牙军队一半丧生，一本被俘，国王本人也一命呜呼。
国王年级轻轻就去世，没有留下后代，使葡萄牙陷于进退两难之中。这时最有继承王位的说他祖母卡塔林纳的外孙菲利普二世。由菲利普二世继承，意味着伊比利亚半岛上的这两个国家西班牙和葡萄牙的合并。
当时葡萄牙的上层阶级几乎都希望与西班牙合并。他们希望借助西班牙的力量挽救葡萄牙的萧条，弹压群众的不满以保持自己的权势和财产，同时他们还希望东方贸易从此会得到强大的西班牙舰队的保护。对葡萄牙的大商人来说，与西班牙的合并还意味着盛产金银的西班牙美洲对葡萄牙人的开放。总之，这是葡萄牙的统治阶级希望强大的西班牙保护他们的既得利益。1580年，他们迎接菲利普二世当上了葡萄牙的国王。
从1580年到18世纪初，总体来说葡萄牙与西班牙是站在同一条战壕，迎接着各各强大起来的西欧国家的挑战。
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